İçeriğindeki sindirim dostu probiyotik bakteriler ve prebiyotiklerden dolayı bağırsakların düzenli çalışmasını sağlayarak kabızlığa karşı koruyucu faydası vardır. Yörsan Gıda Mühendisi Nilüfer Hakarayan ayranın sindirim sistemine faydalarını şu şekilde sıralıyor:
İshal; bağırsak hareketlerinin artması nedeni ile vücutta sıvı, elektrolit dengelerinin bozulmasına, yararlı bakterilerin azalmasına neden olur. Böyle bir hastalık döneminde yeterli enerji ve proteini alamadığımız düşünülürse ayran çok faydalı bir içecek olacaktır. Bununla birlikte sindirim sisteminde sıkça görülen gaz, şişkinlik, ishal gibi belirtilerin olduğu laktoz intoleransı dediğimiz sütteki laktoz denilen şekerin sindirilememesi durumunda ayran tüketimi hafif laktoz intoleransı yaşayan kişilerde faydalı olabilir. Sütten yoğurt yapılırken sütün içerisindeki laktozun laktik aside dönüşmesi yoğurdun sindirim dostu besin olmasını sağlar. Sonuç olarak ayranın yoğurt ve su bileşiminden oluştuğu düşünüldüğünde gaz, şişkinlik gibi belirtilere ayran tüketiminden sonra karşılaşılma olasılığının çok daha düşük olması beklenebilir.